Площта на защитените територии в област Пазарджик възлиза на 11 225 ха, или 4,5% от общата площ. В западната част на региона се намира национален парк Рила.
Обявени са четири биосферни резервата: Купена, Дупката, Манатарица и Беглика, като първите три са включени в програмата МАБ Човек и биосфера на ЮНЕСКО. Същите се стопанисват от МОСВ.
На огромни площи са разпространени десетки видове гъби – манатарка, пачи крак, печурка, челядинка, масловка, сърненка и др.; горски плодове – червена и черна боровинка, малина, къпина, шипка и др.
Повече от 100 вида са диворастящите лечебни растения. Съчетани с красивата природа и множеството язовири и реки, създават отлични условия за развитие на туризма.
На територията областта са разположени 21 бр. защитени местности с обща площ 3 205 ха, както и 18 природни забележителности с площ 623 ха.